Det finns många olika Linux-bioinformatikverktyg tillgängliga och flitigt använt inom detta område under en lång tid. Bioinformatik har karaktäriserats på många sätt; men det definieras ofta som en kombination av matematik, beräkning och statistik för att analysera biologisk information. Huvudmålet med bioinformatikverktyget är att utveckla en effektiv algoritm så att sekvenslikheter kan mätas därefter.
Den här artikeln har skrivits genom att fokusera på de bioinformatikverktyg som finns tillgängliga på Linux-plattformen. Alla effektiva verktyg har diskuterats och granskats i detalj. Dessutom hittar du de väsentliga funktionerna, egenskaperna och nedladdningslänkarna från den här artikeln. Låt oss därför gå igenom det.
1. geArbetsbänk
geWorkbench kan utvecklas med genome workbench, ett javabaserat bioinformatikverktyg för integrerad genomik. Dess komponenters arkitekturer underlättar specifikt utvecklade plugin-program som skulle konfigureras till komplicerade bioinformatikapplikationer. För närvarande finns sjuttiopluggar tillgängliga för att stödja, visualisera och analysera sekvensdata.
Funktioner hos geWorkbench
- Det ingår många beräkningsanalysverktyg, nämligen t-tester, självorganiserande kartor, hierarkisk klustring och så vidare.
- Den presenteras med molekylära interaktionsnätverk, proteinstruktur och proteindata.
- Den erbjuder genintegration och annoteringsvägar och samlar in data från kurerade källor för analys av anrikning av genontologi.
- Detta verktyg integrerar komponenter med plattformshanteringen av input och output.
2. BioPerl
BioPerl är en samling Perl-verktyg som ofta används i Linux-plattformen som ett bioinformatikverktyg för beräkningsmolekylär biologi. Det används kontinuerligt inom bioinformatikfälten i en uppsättning standard CPAN-stil. Detta bioinformatikverktyg är väldokumenterat och fritt tillgängligt i Perl-moduler. På grund av att de är objektorienterade är dessa moduler beroende av varandra för att utföra uppgiften.
Funktioner i BioPerl
- Från de lokala och isolerade databaserna får detta bioinformatikverktyg tillgång till nukleotid- och peptidsekvensdata.
- Den manipulerar distinkta sekvenser och omvandlar formen av databas- och filposter.
- Det är en sökmotor för bioinformatik som letar efter liknande sekvenser, gener och andra strukturer i genomiskt DNA.
- Genom att generera och manipulera sekvensanpassningar utvecklar den maskinläsbara sekvenskommentarer.
—
3. UGENE
UGENE är en gratis öppen källkod och en uppsättning integrerade bioinformatikverktyg för Linux. Dess gemensamma användargränssnitt är integrerat med mest använda och välbekanta bioinformatikapplikationer. Många biologiska dataformat är kompatibla med deras verktygssatser; sålunda kan data hämtas från avlägsna källor. Det här verktyget använder flerkärniga processorer och GPU:er för att ge maximal prestanda för att optimera dess beräkningsaktiviteter.
Funktioner hos UGENE
- Dess grafiska gränssnitt erbjuder flera funktioner, till exempel kromatogramvisualisering, multiple align editor och visuella och interaktiva genom.
- Det banar väg för en 3D-vy i PDB- och MMDB-format tillsammans med stöd för anaglyfstereoläge.
- Det underlättar fylogenetisk trädvy, dot plot visualisering och frågedesigner kan söka efter invecklade anteckningsmönster.
- Det kan bana väg för anpassat beräkningsarbetsflöde för arbetsflödesdesignern.
4. Biojava
Biojava är en öppen källkod och exklusivt designad för projektet för att tillhandahålla de nödvändiga Java-verktygen för att bearbeta biologisk data. Det fungerar för många olika datauppsättningar, till exempel analytiska och statistiska rutiner och tolkar för vanliga filformat. Dessutom underlättar det manipuleringen av sekvens och 3D-struktur. Detta bioinformatikverktyg för Linux syftar till att påskynda snabb applikationsutveckling för biologiska datamängder.
Funktioner i Biojava
- Inklusive klassfiler och objekt, det är ett paket som implementerar java-kod för olika datamängder.
- Biojava kan användas i olika projekt som Dazzel, Bioclips, Bioweka och Genious, som används för olika ändamål.
- Det fungerar för filtolkare tillsammans med DAS-klienter och serverstöd.
- Den används för att göra sekvensanalyser för GUI:er och kan komma åt BioSQL- och Ensembl-databaser.
5. Biopython
Biophython bioinformatikverktyg utvecklat av ett internationellt team av utvecklare och skrivet i python-program används för biologisk beräkning. Det ger tillgång till ett rättvist utbud av bioinformatiska filformat, nämligen BLAST, Clustalw, FASTA och Genbank, och ger tillgång till onlinetjänster som NCBI och Expasy.
Funktioner hos Biopython
- Den ackumuleras med pythonmoduler som arbetar med att göra en sekvens med interaktiv och integrerad natur.
- Detta bioinformatikverktyg kan utföra i olika sekvenser, till exempel translation, transkription och viktberäkningar.
- Detta verktyg är exklusivt berikat; sålunda hanteras proteinstruktur och sekvensformat effektivt.
- Detta verktyg fungerar för justeringar; sålunda kan en standard upprättas för att skapa och hantera substitutionsmatriser.
6. InterMine
InterMine är ett bioinformatikverktyg med öppen källkod för Linux som fungerar som ett datalager för att integrera och analysera biologisk data. Eftersom det är programvara kan användare installera det på sin enhet och göra data tillgänglig på webbsidan. Det tros vara en av de mest dynamiska datatabellerna som enkelt kan borra ner i data och smidiga sättet att filtrera data. Vad är mer ytterligare kolumn för att navigera till rapportsidan?
Funktioner hos InterMine
- Det fungerar med ett enda objekt, som en gen, ett protein eller ett bindningsställe, och flera listor, som en lista över gener eller proteiner.
- Den kan användas på flera språk; sålunda kan olika frågor om biometrisk information sökas på ett par språk.
- Denna programvara har fyra sökverktyg: mallsökning, nyckelordssökning, frågebyggare och regionsökning.
- Den stöder olika format som Chado, GFF3, FASTA, GO & genassocieringsfiler, UniProt XML, PSI XML, In Paranoid orthologs och Ensembl.
7. IGV
IGV, utvecklad som en interaktiv genomikvisare, tros vara ett av de mest effektiva visualiseringsverktygen som enkelt kan komma åt en omfattande och interaktiv genomikdatabas. Den kan erbjuda ett brett utbud av datatyper med genomisk annotering tillsammans med array-baserade och nästa generations sekvensdata. Precis som Google Maps kan den navigera genom en datamängd och smidigt zooma och panorera genom genomet.
Funktioner hos IGV
- Det erbjuder flexibel integrering av långa rader av genomiska datauppsättningar, inklusive justerade sekvensläsningar, mutationer, kopienummer, etc.
- Det påskyndar möjliggör realtidsutforskning av den massiva stödjande datamängden genom att använda effektiva filformat med flera upplösningar.
- Det möjliggör simultan visualisering av olika datatyper bland hundratals och i viss mån upp till tusentals prover.
- Det gör det möjligt att ladda datauppsättningar från lokala och avlägsna källor, inklusive molndatakällor, för att observera sina egna och allmänt tillgängliga genomiska datauppsättningar.
8. GROMACS
GROMACS är en dynamisk molekylär simulator som ingår analys och byggverktyg. Det är ett paket med mångsidighet och avser att arbeta med molekylär dynamik; till exempel kan den simulera den newtonska rörelseekvationen från hundratals till tusentals partiklar. Det var programmerat att fungera på biokemiska molekyler i ett tidigare skede, nämligen protein och lipider, bundna med komplicerade interaktioner.
Funktioner hos GROMACS
- Detta Linux-informatikverktyg är användarvänligt, innehåller topologier och parameterfiler och är skrivet i klartext.
- Manusspråk används inte; sålunda drivs alla program med ett enkelt gränssnitts kommandoradsalternativ för in- och utdatafiler.
- Om något går fel görs många felmeddelanden och konsistenskontroller.
- Alla program underlättas med ett integrerat grafiskt användargränssnitt.
9. Taverna Arbetsbänk
Taverna Workbench är ett verktyg med öppen källkod programmerat för att designa och utföra bioinformatiska arbetsflöden skapade av myGrid-projektet. En rad programvaror kan integreras med detta verktyg, inklusive SOAP och REST webbtjänst. Det samarbetar med distinkta organisationer som European Bioinformatics Institute, DNA Databank of Japan, National Center for Biotechnology Information, SoapLab, BioMOBY och EMBOSS.
Funktioner hos Taverna Workbench
- Den är helt designad med ett grafiskt arbetsflöde för att hitta, utveckla och utföra arbetsflöden.
- Den har designats med ett helt grafiskt arbetsflöde; dessutom används diskreta flikar för design.
- Anteckningar ges för att beskriva arbetsflöden, tjänster, ingångar och utgångar med en inbyggd hjälpfunktion.
- Tidigare använt arbetsflöde lagras i detta verktyg, även om det kan spara indata arbetsflöde som används i filen.
10. PRÄGE
EMBOSS innebär European Molecular Biology Open Software Suite. Det är ett paket med mjukvara som har utvecklats för den molekylärbiologiska gemenskapens behov. Detta Linux-bioinformatikverktyg kan användas för olika ändamål. Till exempel fungerar den automatiskt i olika dataformat. Dessutom kan den samla in data sekventiellt från webbsidan.
Funktioner hos EMBOSS
- EMBOSS inkluderar hundratals applikationer, nämligen sekvensanpassning och snabb databassökning med sekvensmönster.
- Dessutom har den proteinmotividentifiering, inklusive domänanalys och nukleotidsekvensmönsteranalys.
- Dess verktygslåda har utformats på lämpligt sätt för att hantera bioinformatikapplikationen och arbetsflödet.
- Den har programmerats med ytterligare bibliotek för att hantera många andra relevanta frågor också.
11. Clustal Omega
Clustal Omega fungerar på protein, och RNA/DNA är ett program för multipelsekvensanpassning utformat för allmänna ändamål. Den kan effektivt hantera miljontals datamängder inom rimlig tid; dessutom producerar den högkvalitativa MSA. I detta bioinformatikverktyg finns det en process där användaren kräver att filsekvensen lämnas i standardläget. Det blir justerat och klustrade för att generera ett guideträd, vilket i slutändan möjliggör en progressiv inriktningssekvens.
Funktioner hos Clustal Omega
- Det underlättar justering av befintliga anpassningar med varandra och, vad mer är, anpassning av en sekvens till en anpassning med hjälp av en dold Markov-modell.
- En extern profiljusteringsfunktion hänvisar till en ny homolog sekvens för den dolda Markov-modellen.
- HMMs används för Clustal Omega för uppriktningsmotorn hämtad från HHalign-paketet från Johannes Soeding.
- Clustal Omega tillåter tre sekvensingångar: profilen, justera sekvensen och HMM.
12. BLAST
Basic Local Alignment Search Tool eller BLAST används för att hitta likheten mellan biologiska sekvenser. Det kan hitta relevanta matchningar mellan nukleotid- och proteinsekvenser och visa deras statistiska betydelse av det. Frågesekvenser är strukturerade med olika typer av BLAST. Dessutom är det här verktyget till stor del odlat blomstrande okända gener i olika djur, och det gör det möjligt att kartlägga sekvensbaserade datauppsättningar genom kvalitativ analys.
Funktioner hos BLAST
- MegaBLAST nukleotid-nukleotiden erbjuder att söka och optimera för mycket liknande typer av sekvenser.
- Dessutom fungerar BLASTN-nukleotid-nukleotiden något annorlunda när den letar efter distanssekvenser.
- Dessutom hittar BLASTP protein-protein relation och jämförelse, och dess formel används för annan forskning.
- TBLASTN fokuserar på nukleotidfrågan mot proteindatauppsättningen och kan översätta databasen i farten.
13. Sängredskap
Bedtool bioinformatikmjukvara är en schweizisk armékniv av verktyg som används för många olika genomiska analyser. Genomisk aritmetik använder detta verktyg mycket brett, vilket innebär att det kan hitta mängdteorin med det. Till exempel underlättar sängverktyg en att räkna, komplettera och blanda skära, slå samman genomiska intervall från flera filer och generera ett speciellt genomformat som BAM, BED, GFF/GTF och VCF.
Funktioner hos Bedtools
- I detta bioinformatikverktyg är var och en utformad för att utföra en särskilt enkel uppgift, t.ex. skära två intervallfiler.
- Den komplicerade och sofistikerade analysen görs genom att använda en kombination av sängverktyg.
- En gruppforskare utvecklade detta verktyg i Utah Universitys Quinlan-laboratorium.
- Eftersom detta verktyg har många alternativ kan det användas för flera ändamål inom bioinformatik.
14. Bioklipp
Bioclipse Linux bioinformatikverktyg som definieras med workbench for life science är en java-baserad programvara med öppen källkod. Det fungerar på den visuella plattformen, inklusive kemo och bioinformatik Eclipse Rich Client Platform.
Den har en plugin-arkitektur. Det innebär dessutom den senaste plugin-arkitekturen, funktionalitet och visuella gränssnitt från Eclipse, såsom hjälpsystemet och mjukvaruuppdateringar som också ingår.
Funktioner i Bioclipse
- Biologiska sekvenser, nämligen RNA, DNA och protein, hanteras med bioklippet.
- Biojava hjälper också till att tillhandahålla kärnbioinformatikfunktionalitet; grafiska redigerare för sekvensjusteringar också.
- Det används för farmakologi och läkemedelsupptäckt tillsammans med platsen för upptäckt av metabolism.
- Slutligen fungerar den på semantisk webbfunktionalitet, bläddrar i omfattande sammansättningar och redigerar kemiska strukturer.
15. Bioledare
Bioinformatik som används flitigt i Linux-plattformen, är ett öppen källkod och gratis bioinformatikverktyg, som används konsekvent inom medicinsk biologi för analys med hög genomströmning. Den använder huvudsakligen statistik R-programmering; ändå innehåller den också ett annat programmeringsspråk. Denna programvara är designad genom att fokusera på ett par mål; till exempel syftar det till att etablera samarbetsutveckling och att använda innovativ programvara oerhört.
Funktioner hos Bioconductor
- Denna programvara kan analysera en rad data, till exempel oligonukleotidmatriser, sekvensanalys och flödescytometer, och generera en robust grafisk och statistisk databas.
- Att ha vinjetter och dokument i varje kikarepaket kan ge en textuell och uppgiftsorienterad beskrivning av det paketets funktionalitet.
- Den kan generera realtidsdata om den associerade mikroarrayen och andra genomiska data tillsammans med biologisk metadata.
- Dessutom kan den analysera uttryckta gener som LIMMA, cDNA Arrays, Affy Arrays, RankProd, SAM, R/maanova, Digital Gene Expression, och så vidare.
16. AMFORA
AMPHORA, som står för Automated Phylogenomic inference Application, är ett arbetsflödesverktyg för bioinformatik med öppen källkod. En annan AMPHORA-version, AMPHORA2, har bakteriella och 104 arkeala fylogenetiska markörgener. Ännu viktigare, det fungerar för att skapa information mellan fylogenetiska och uppfyllda genetiska datamängder.
Funktioner hos AMPHORA
- Eftersom det är enstaka gener är AMPHORA2 den mest lämpliga för att härleda bakteriers taxonomiska sammansättning.
- Dessutom kan det också härleda den taxonomiska sammansättningen av arkeala samhällen från den metagenomiska hagelgevärsekvensen.
- Inledningsvis användes AMPHORA för att analysera Sargassohavets metagenomiska data.
- Men nuförtiden används AMPHORA2 alltmer för att analysera relevanta metagenomiska data i detta avseende.
17. Anduril
Anduril är öppen källkodskomponentbaserad bioinformatikmjukvara för Linux som fungerar för att skapa ett arbetsflödesramverk för vetenskaplig dataanalys. Systembiologiska laboratoriet, Helsingfors universitet, utvecklar detta verktyg. Detta bioinformatikverktyg för Linux är utformat för att möjliggöra effektiv, flexibel och systematisk dataanalys, särskilt inom det biomedicinska forskningsområdet.
Funktioner hos Abduril
- Det fungerar i ett arbetsflöde där olika bearbetningssystem är relaterade till varandra; till exempel kan en utdata från en process fungera som en input från andra.
- Det primära Anduril-verktyget är skrivet i Java, medan andra komponenter är skrivna i olika applikationer.
- I dess olika steg förekommer många aktiviteter, som att skapa data, generera rapporter och importera data.
- Dess arbetsflödeskonfiguration kan göras med ett enkelt uppenbart, kraftfullt skriptspråk, nämligen Andurilscript.
18. LabKey Server
LabKey Server är ett föredraget val för forskarna som används i laboratorierna för att integrera forskning, analysera och dela biomedicinsk data. Ett säkert datalager används i detta verktyg som underlättar webbaserad sökning, rapportering och samarbete inom en lång rad databaser. Tillsammans med den underliggande plattformen kan många fler vetenskapliga instrument läggas till denna applikation.
Funktioner hos LabKey Server
- LabKey Server är utrustad med alla typer av biomedicinsk data. Till exempel flödescytometri, mikroarray, masspektrometri, mikroplatta, ELISpot, ELISA, etc.
- I det här verktyget utför en anpassningsbar databehandlingspipeline alla relevanta aktiviteter.
- Den presenteras med observationsstudier som stödjer hanteringen av longitudinella, storskaliga studier av deltagare.
- Proteomics används för att bearbeta masspektrometridata med hög genomströmning med hjälp av ett specifikt verktyg, nämligen X! Tandem.
19. Mothur
Mothur är ett bioinformatikverktyg med öppen källkod som ofta används inom det biomedicinska området för att bearbeta biologiska data. Det är ett mjukvarupaket som ofta används för att analysera DNA från oodlade mikrober. Mothur är ett Linux-bioinformatikverktyg som kan bearbeta data som genereras från DNA-sekvensmetoder, inklusive 454 pyro-sekvensering.
Funktioner hos Mothur
- Det är en mjukvara i ett paket som kan hantera samhällsdata som analyserar och gör en sekvens.
- Storskaligt stöd för gemenskapsdokumentation och annan form av stöd tillhandahålls med detta verktyg.
- Man tror att Mothur är det mest framstående bioinformatiska verktyget för att analysera 16S rRNA-gensekvenser.
- En dedikerad community och handledningar finns tillgängliga i det här verktyget för att informera om hur man använder Sanger, PacBio, IonTorrent, 454 och Illumina (MiSeq/HiSeq).
20. VOTCA
VOTCA står för Versatile Object-oriented Toolkit for Coarse-graining Applications, som är märkt som ett effektivt bioinformatikverktyg med ett Coarse-grained modelleringspaket som huvudsakligen analyserar molekylärbiologisk data. Det syftar till att utveckla systematiska grovkorniga tekniker och simulera mikroskopiska laddningar för att transportera oordnade halvledare.
Funktioner hos VOTCA
- VOTCA består huvudsakligen av tre huvuddelar: grovkorniga verktygslåda, Charge Transport Toolkit och Excitation Transport Toolkit.
- Alla tre kärnfunktionerna kommer från VOTCA-verktygsbiblioteket som implementerar delade procedurer.
- VOTCA använder grovkorniga metoder för att skörda de bästa resultaten från relevanta aktiviteter.
- Denna programvara har en excitationstransportverktygslåda där orca DFT-paket stöds avsevärt.
Slutlig tanke
För att kapsla in det hela är det värt att nämna här att alla de fjärde nämnda bioinformatikapplikationerna används flitigt inom detta område. Dessa Linux-bioinformatikverktyg har använts inom medicinsk vetenskap, farmakologi, läkemedelsuppfinningar och relevant sfär under lång tid.
Slutligen uppmanas du att lämna dina två öre angående denna artikel. Vad mer är, om du tycker att den här artikeln är värd besväret, glöm inte att gilla, dela och kommentera. Din värdefulla kommentar kommer att uppskattas.
